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GWAS


GWAS 开场介绍以及引入正题:老师您好,我是上海美吉生物的 XXX,我们公司 主要从事高通量测序业务,包括基因组、转录组、蛋白代谢组和宏基因组和宏转 录组等,之前了解到您这边有一个全基因组关联分析(GWAS)的项目,这里是 我们公司推出的基于高通量测序, 在全基因组水平开发海量分子标记进行全基因 组关联分析的产品介绍, 您这边也可以看一下,像我们公司在性状定位这方面经 验还是比较丰富的,老师我给您介绍下我们这个产品。 介绍 GWAS 和做法:GWAS(Genome wide association study,GWAS)最初 的提出是针对人类复杂疾病的研究,如今,GWAS 不仅在医学方面,在动植物分 子育种领域也被广泛应用。 全基因组关联分析是应用基因组中数以百万计的 SNP 为分子遗传标记,结 合目标性状的表型数据, 通过统计方法进行分子标记与目标性状之间的关联性的 大小,选出最相关的遗传变异,最后对多个候选基因进行验证。随着二代测序技 术的快速发展和基因组学研究的进步, 越来越多的动植物的基因组已经完成了测 序,目前,基于全基因组重测序的 GWAS 进行复杂性状的定位的高分文章也越 来越多。比如水稻,大豆,番茄,玉米,拟南芥,牛等均在 NG 上有发表文章。 相比传统 QTL 作图技术相比,GWAS 分析:1、使用自然群体,不需要专门构建 作图群体;2、自然群体的变异类型更为丰富;3、而且自然群体经历了数千世代 的重组事件,LD 衰减存在于很短的距离内,因此定位结果更加精细可以定位到 单基因的水平。 介绍 GWAS 取样和测序:GWAS 要求 1、动植物自然群体;2、样本间不能 具有明显的亚群分化(如生殖隔离等);3、表型性状具有较强遗传力,记录准 确;4、大于 200 个。测序策略:WGS:每个样品测 5X 以上;RAD:每个样品 测≥2X;GBS:20Wtag,10X/tag。(对于 GBS 测序基本是这样记住,但是要灵 活,小基因组的样本的测序一般切不了 20w 个 tag,可以提供 10w 或直接 RAD, 大基因组远远不止 20w,所以先了解物种基因组情况。)


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